La ilusionante campaña 2008/2009 se queda ahora empañada, pues la marcha de José Fernández hace que dos jugadores que tenían contrato por otra temporada, presenten unas fichas impagables para el club, asume la presidencia temporalmente Cándido Salcedo, quién va a dimitir para dejar el mando a Toño Barriles, siendo entrenador en un primer momento Ramón Cuadrado, y más tarde Alberto Parras, el equipo se mantiene la primera temporada en tercera pero más tarde consuma su descenso de nuevo a 1.ª Regional en la última jornada, tras empatar con el Real Valladolid CF B por 1-1. A pesar de adelantarse inicialmente, un penalti anotado por Alberto Gil, curiosamente, exjugador del Atlético Tordesillas en la temporada anterior, camisetas atletico de madrid pondría las tablas finales camiseta atletico de madrid 2023 en el marcador.
