Los jugadores que más goles han convertido por el club en encuentros de Primera División son Fernando Morena (203), Alberto Spencer (113) y Óscar Míguez (107). Fernando Morena, quien además es el goleador histórico del campeonato uruguayo con 230 goles, es también quien más goles marcó en total con la camiseta de Peñarol con 440 tantos, el jugador que más goles convirtió en una temporada con 36 anotaciones en 1978 y el segundo máximo goleador por encuentros internacionales con 37 goles, por detrás de Alberto Spencer quien, entre 1960 y 1970, convirtió en 58 ocasiones.
